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要查询手机短信被拦截的次数，可以通过以下几种方法。
1、手机系统设置查询：
在手机系统设置中可以找到关于短信拦截的相关选项，可以查看被拦截的短信数量或拦截记录，不同手机品牌和操作系统可能会有所不同，可以在手机设置中的“隐私”、“安全”、“拦截”等选项中寻找。
2、短信应用查询：
部分手机中的短信应用会有独立的短信拦截功能，可以在短信应用的设置或拦截记录中查看被拦截的短信数量。
3、安全软件查询：
如果用户安装了安全软件（如腾讯手机管家、360安全卫士等），可以在软件的拦截记录中查看被拦截的短信数量。
4、运营商查询：
用户还可以联系手机运营商客服查询短信是否被拦截以及拦截次数，运营商可能会要求用户提供身份证明和手机号码等信息以验证身份。
需要注意的是，不同的手机和应用程序可能有不同的界面和功能，具体操作可能会因手机型号和应用程序的不同而有所差异，如果无法找到相关选项或操作遇到困难，建议查阅手机或应用程序的使用手册或在线帮助文档。